動植物基因組重測序

對已知基因組序列的物種進行高通量測序,獲得大量可遺傳的變異信息,實現遺傳進化分析及重要性狀候選基因的預測。

動植物重測序變異檢測

對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,在全基因組水平上發現不同個體或組織細胞之間的差異信息,從而獲得生物群體的遺傳特征。

全基因組關聯分析(GWAS)

利用基因組中數以百萬計的單核苷酸多態性為分子遺傳標記,進行全基因組水平上的對照分析或相關性分析,通過比較發現影響復雜性狀的基因變異的一種策略。

遺傳圖譜

是指基因組中基因以及專一的多態性標記之間相對位置的圖譜。主要通過兩點測驗和三點測驗對統計的各種帶型個體數進行連鎖分析計算,建立連鎖遺傳圖譜。

群體進化

通過獲得某物種自然群體各亞群的SNP、InDel等變異信息,解析群體的遺傳多樣性、遺傳結構、群體進化動態等生物學問題,從分子層面深入研究該物種的進化歷程。

文章案例

G基因的鑒定

全基因組關聯分析(GWAS)揭示不同科作物馴化中存在基因平行選擇

作物馴化是現代農業的起源,同作物在從野生種到栽培種的馴化過程中,一些農藝性狀表現出趨同馴化的現象,控制這些性狀的基因是否在不同物種馴化中受到平行選擇一直是進化研究的重要科學命題。基于此,貝瑞基因助力中國科學院遺傳與發育生物學研究所,美國喬治亞大學等處的研究人員通過全基因組重測序進行了一項研究,研究人員通過對不同的大豆種質資源進行全基因組重測序與全基因組關聯分析,鑒定到一個控制大豆種皮綠色的G基因,該基因在大豆馴化過程中受到選擇,且與大豆種子休眠減弱相關。進一步研究發現,G蛋白可能通過與調控植物休眠激素脫落酸(ABA)合成蛋白NCED3、PSY相互作用,調節ABA在種子中的積累,從而影響種子休眠。該基因是首個被發現在多個科作物馴化中受到平行選擇的基因,這對于新物種的馴化具有重要指導意義。

參考文獻:Wang et al., Parallel selection on a dormancy gene during domestication of crops from multiple families. Nature Genetics, 2018.

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